Au Puy-en-Velay, la Bienheureuse Eugénie a poursuivi ses études. A la rentrée 1889, madame Joubert inscrit sa fille Eugénie à l’école Sainte Marie du Puy chez les religieuses de Notre-Dame. Elle y sera pensionnaire durant trois ans. Elle avait 17 ans à la sortie de Sainte-Marie.

Le Puy est également le lieu des débuts de sa vie religieuse : la Communauté naissante de la Sainte Famille du Sacré-Cœur réside au « Colombier », près de l’Évêché et de la Cathédrale, dans une vieille bâtisse, et durant l’été, à proximité du Puy, dans une maison dite « La Darne », mise à disposition de la Communauté.